大部分可以完全恢复,不留任何神经系统后遗症。少数病情严重,尤其是单纯疱疹病毒脑炎患者,可有脑实质的严重受累,预后不良,常常遗留神经精神异常,可有运动障碍、癫痫、视听功能受损和智力低下等。
各种减毒病毒疫苗(麻疹、流行性腮腺炎、风疹等)已明显减少了这些病毒感染性疾病的中枢神经系统合并症。乙脑疫苗可预防虫媒病毒脑炎