扁桃体发炎的病因有免疫因素,当某些诱因使整个身躯或局部的抵抗力降低。感染因素,主要致病菌为乙型溶血性链球菌。非溶血性链球菌、葡萄球菌、肺炎球菌、流感杆菌以及一些病毒也可引起本病。
细菌和病毒混合感染较多见。还有合并厌氧菌感染的病例。