生殖器疱疹会引起播散性疱疹、疱疹性脑膜炎、前列腺炎、直肠炎、盆腔炎、脊髓神经根疾病等一系列并发症。此外,生殖器疱疹可能导致不孕不育且常与其他性传播疾病,如淋并非淋菌性尿道炎、梅毒、尖锐湿疣、阴道念珠菌并滴虫等混合感染。