生殖器疱疹的并发症,如宫颈炎、子宫内膜炎、输卵管炎,可能造成不孕不育,对于有免疫缺陷的生殖器疱疹病人,如艾滋病病人如果患有生殖器疱疹,可能会造成中枢感染,引起脑膜炎、脑实质炎等疾病;
除了身体方面的危害,生殖器疱疹还会对病人造成严重的心理障碍,因为这类疾病牵扯到道德,所以病人心理压力大,变得自卑、自责。
孕期女性患病还可通过胎盘传染给胎儿,或经产道分娩传染给新生儿。