一般来说,单侧卵巢巧克力囊肿,是不会导致不孕不育的,导致你不孕不育的,可能另有原因。除了这个囊肿以外,建议你看一下自己的排卵是否正常?
双侧输卵管是否通畅,有没有不利于怀孕的抗原抗体阳性,男方也应该进行检查。