您好!根据您所描述的情况,怀孕三个月查出沙眼衣原体阳性。衣原体感染对胎儿是有影响的。沙眼衣原体会增加胎儿的流产率,建议您最好及时治疗。
在医生指导下可以吃阿奇霉素治疗,如果以前没有流产的病史也可以观察。按时孕检,定期复查。祝您好孕!