病毒性脑炎的预后与所感染的病原密切相关。单纯疱疹病毒引起者预后较差,少量存活病人留有不同程度的后遗症。流脑的治好率达到95%以上,一般死亡病例多为暴发型,短期内死于严重休克或脑疝,普通型病儿早期采用适应药物能够彻底治疗,并发症和后遗症很少见。