病毒感染往往也可引致胃肠炎及肠炎.轮形病毒是引起儿童腹泻的最常见病原体.除此之外,可引致胃肠炎的病毒还有腺病毒,肠病毒,手足口病毒.等等.这种感染可在两天之内发病.有些植物在生长过程中所产生的毒素,也可以引致胃肠炎,如紫杉,青性的茄属植物,牵牛花及七叶树属植物等,都含毒素,而马铃薯块茎所生的嫩芽,也是有毒的。