您好,根据你的描述,你现在这种情况巧克力囊肿主要是因为子宫内膜异位症引起的,如果卵巢内有巧克力囊肿,而且囊肿比较大,是可以考虑手术治疗的。
做巧克力囊肿的切除手术一般是建议月经干净以后,建议你选择比较正规的医院,做巧克力囊肿的切除手术,手术以后也需要定期复查。
祝你身体健康,生活愉快