脑部核磁共振基本没有副作用。但是由于脑部磁共振检查的时间比较长,有的会出现胸闷,气短,心慌症状。脑部磁共振缺点是磁共振显示急性出血,急性颅脑损伤,颅骨骨折,钙化灶等不如CT。
体内如有金属置入物,义齿,心脏起搏器和脑动脉瘤手术银夹等,不能进行磁共振检查,磁共振血管成像由于信号变化复杂,易产生伪影,分辨率不适宜大范围检查。