桥本氏甲状腺炎是一种自体免疫性疾病病因目前不是很明确。有的患者同时伴随其他自身免疫疾病如恶性贫血播散性红斑痕疮类风湿关节炎、干燥综合征、I型糖尿病慢性活动性肝炎等本病后期甲状腺功能明显低下时临床上呈粘液性水肿患者的抑制性T淋巴细胞遗传性缺陷导致甲状腺自身抗体产生结合本病中尚有K细胞介导免疫释放出包括淋巴毒素在内的可溶细胞导致甲状腺细胞损害另外遗传因素与自身免疫的发病机制密切相关本病有家族簇集现象且女性多发国外在HLA遗传因子研究中发现欧美白人DBW3DR5增加而日本人则是DBW53出现频率较高