致病真菌为皮肤癣菌(毛癣菌属、表皮癣菌属、小孢子菌属)、念珠菌(假丝酵母菌)及非皮肤癣菌类真菌。它们一方面将甲组织作为营养源,另一方面破坏甲的正常结构,造成成各种主观及客观的甲损害。
家族史、潮湿环境、营养不良、免疫低下等为易感因素,外伤、特别是不当的美甲、应用公共修甲工具、穿公共拖鞋等可感染该病。
病甲会出现颜色、形状、质地的改变。如甲变厚、变形、屑、失去光泽等,有时会成钩状,有时可变成喇叭状。颜色改变视不同菌种而易,最常见的颜色为灰黄色,后者也是灰指甲的来历,另外,也可为黄色、红色、白色、绿色等