肛瘘的病因主要是细菌感染,细菌侵犯的部位是肛隐窝、肛门腺导管和肛门腺体。肛门腺感染、化脓,形成肛周脓肿,自然破溃形成,脓肿逐渐缩小,但肠内容物仍不断进入脓腔,在愈合缩小的过程中,常形成迂曲的腔道,引流不畅不易愈合,日久后腔道周围有许多疤痕组织,形成慢性感染性管道。