肛瘘有原发性内口、瘘管支管和继发性外口,内口即被传染源的入口,多在肛窦内及其四面后正中线的两侧,多见但也可在直肠下部或肛管的任何部位,瘘管有直有弯。
少数有分支外口即脓肿溃破处或切开引流的部位多位于肛管四面皮肤,由于病原菌不断经内口进入管道加之管道迂曲行走于内外括约肌四面管壁,由纤维组织构成管内有肉芽组织故经久不愈。