子宫内膜异位怀孕会引起输卵管的蠕动受限,引起盆腔粘连、巧克力囊肿,破坏了卵巢的排卵,甚至于子宫肌层引起肌腺瘤。盆腔微环境的改变会影响精卵的结合以及运送,免疫功能异常可能导致抗子宫内膜抗体的增加,从而破坏子宫内膜的正常代谢以及生理功能。