肛瘘的手术治疗20天以后还疼痛是不正常的,有可能是感染复发了引起的或者是肛瘘没有彻底痊愈造成的。是需要让手术的医生复查肛门看看如果是感染了需要双氧水冲洗使用碘伏和酒精消毒的,如果没有痊愈还需要继续治疗的。