打完疫苗晚上发烧39度患者可以遵医嘱吃一些退烧药物来进行缓解。疫苗注射之后,如果机体免疫力是正常状态多数病人没有什么反应,但是有的患者可能会出现发烧和腹泻或者过敏的症状,另外注射疫苗也不排除其他病毒或者细菌引起感染,必要时患者需要到医院做血常规检查,对症治疗。