药物治疗:采用药物来对抗或抑制卵巢的周期性内分泌刺激。最初是用睾丸酮类的雄性激素,因副作用较大,而且效力亦不够强,已逐渐摒弃不用。
后来则逐渐发展成为假孕疗法及假绝经疗法。,手术疗法:一般认为卵巢上发生的巧克力囊肿,病变体积往往较大,或发生在其他部位的子宫内膜异位结节,直径在2厘米以上者,不易用药物控制,而需要手术治疗;或者经过六个月甚至一年的药物治疗,病情仍不见好转,也应考虑手术切除。