肛门疣通常无临床症状,但是由于大小或部位不同,有些能够引起疼痛和瘙痒感,疣体通常表现为生殖器粘膜上扁平丘疹或蒂状增生物,通常在阴道口周围、未进行包皮环切的内侧或者进行包皮环切的阴茎上,也会在肛门与生殖器的多个部位或肛门与生殖器里面。