肉芽肿性前列腺炎的治疗可采用药物、局部理疗或手术治疗。多数病例可只观察,无须处理,但结节的消失需数月至数年。局部及全身感染严重者需抗感染治疗,通常1~3周可以控制症状。
若继发于特异性感染,应针对病原菌予以治疗,如抗结核、抗真菌治疗等。过敏性肉芽肿病需用类固醇激素治疗,Wegener综合征除需用类固醇激素治疗外,还需加用环磷酰胺治疗。
对有哮喘或过敏者,尚需联用抗组胺药和对症治疗。