很多病原体可引起脑炎、脑膜炎或脑膜脑炎,如结核杆菌、肺炎支原体、立克次体、钩端螺旋体、梅毒螺旋体、芽生菌、粗球孢子菌、荚膜菌、寄生虫、弓形体、隐球菌等。
此外,一些疾病如非典型性细菌性心内膜炎、细菌性脑膜炎、脑脓肿及胶原性血管病等也可表现脑炎的症状,但是脑炎中最重要的病原体是病毒。