不冲突。但是不建议你这样的用。藿香正气丸是治疗暑湿的,而你提到的柠檬水中的维生素C的含量相对较高可以抗氧化的作用。
用一可能减少前者的药物的作用。建议你不要这样的联合的应用。如果希望应用,就是间隔一段时间,以1小时以上为宜。