怀孕40天没有检查出孕囊,可能是检查的时间过早,过几天再到医院做B超检查看看有无孕囊,有的时候计算错误导致怀孕天数不够,所以做检查的时候并不能看到孕囊,过几天做检查,如果还没有孕囊多半是胚胎着床出现了问题。