附睾肿胀与性欲刺激、睾丸附睾的慢性感染或输送精子的管道部分梗阻有关。它的出现还可能与局部损伤或性传播疾病感染有关。
附睾头部的附睾管屈曲、转向或形成憩室,随着时间的推移和精子的不断堆积,憩室小管不断增大,于是形成精液囊肿。当附睾因炎症或创伤而阻塞或形成瘢痕时,也能发生精液囊肿。