做肠镜的危害是做肠镜之后会有腹胀。另外在检查时手法不当,可能会造成肠黏膜的损伤出血,甚至是穿孔等危急情况。其次就是检查所用的内镜是不会更换的,所以如果在消毒不彻底的情况下有可能会发生肠道内细菌的交叉感染。