治疗巧克力囊肿的方法有两种,一种是通过服用药物的方法来进行治疗,另外一种是通过手术来进行治疗的。手术也是分为两种手术方式,可以进行开腹手术,也可以经腹腔镜手术,但不管是哪一种的治疗方法,都建议听从医生的指导,以免误诊。