巧克力囊肿治不好的原因是复发率高。在三年内复发的几率约为14%,而在三到五年内复发的几率已上升至40%。巧克力囊肿应注意性生活,尤其是在月经期间很容易引起月经返流,从输卵管进入卵巢生长,尤其是较多的血容量女性更容易出现月经返流。