根据你的描述,结石是可以导致输尿管粘膜损伤的,所以会导致即使结石没有了,但是还是会痛。建议你多注意休息,清淡饮食,多饮水,口服抗生素和654-2片进行治疗,这个情况随着输尿管粘膜的休息,疼痛会自然消失的,希望你别太担心,这个情况是结石患者很常见的。