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真菌可有性或无性繁殖，各种孢子具有其分类学特征。真菌存在于自然界可为一种形状，而在受染宿主内则形态可以异样。放线菌介卡菌抗酸染色像结核菌，而且无细胞结构，对抗真菌药物不敏感，而对噬菌体和抗细胞药物敏感，又像细胞。
有些真菌感染具有地方性差异。种族和内分泌因素也可能有一定影响。健康人体对真菌具有较强的抵抗力，在下列条件真菌可进入肺部，并引起肺部真菌感染。
真菌多在土壤生长，孢子飞扬空气中，可吸入肺部（外源性），例如曲菌、奴卡菌、隐球菌、荚膜组织胞浆菌。有些真菌为口腔寄生菌，当机体免疫力下降（如糖尿病）可引起肺部感染，例如念珠菌为口腔、皮肤、肠道和阴道的寄生菌；
放线菌为口腔龋齿寄生菌。体内其他部位真菌感染还可经淋巴或血液循环到肺部，例如颈部、膈下病灶中的放线菌，这些都是继发性肺部真菌病。
