患有巧克力囊肿可以在医生指导下口服激素类的药物来进行治疗,能够抑制卵巢的功能,同时也可以防止病情再次发展,如果服用药物以后症状没有得到缓解,是需要到医院通过手术的方法来进行治疗的,能够切除病灶部位,同时也可以恢复正常的结构,避免出现严重并发症。