对于单纯有呼吸道隐球菌寄生的慢阻肺病人,当没有肺部受侵犯的证据时应定期随访,对胸片有肺实质受侵犯,呼吸道分泌物培养中分离出新型隐球菌的病人,应给予积极的治疗,防止发生血源性播散;
对于免疫功能低下的病人因病变极易由肺播散到中枢神经系统,所以即使其脑脊液检查还是阴性结果,亦应及早开始系统治疗。