遗传因素、神经精神因素、自身免疫、感染因素。其中感染,在结肠炎病因中是主要病因之一。每当发病时,使用抗生素则有不同程度控病情和治疗效果,这说明与感染有关。
人类是杂食性的,当吃了不结或变质的食物,往往会发生肠道病变,是占结肠炎病因多数。