小儿腹型癫痫综合症的主要临床表现就是腹痛为主要症状特性。其次在病情发作时症状表现包括突然发作性腹痛,部位多在脐周围及上腹部,少数可放射至下腹部及腹侧面,疼痛多较剧烈,如绞痛或刀割样,持续时间几分钟,也可持续几小时以上。
也有别的如定向障碍,知觉障碍或精神模糊等,但无完全的意识丧失。