先天性肛瘘在畅通时一般无疼痛感,仅有局部坠胀感,但也有因内口较大,粪便流入管道而引起疼痛,尤其是排便或有炎症时疼痛加剧。
因脓液不断刺激肛门周围皮肤可引起肛周瘙痒症,也可伴发肛周湿疹,先天性肛瘘,可伴有全身症状,如发热、贫血、消瘦和食欲不振等。