肚子两侧疼可能是胃肠道运动功能异常引起的。多见肠胃痉挛或者肠道炎症等问题,建议检查肠镜等,明确原因在治疗。是胃肠道运动功能失常的话可以使用调节胃肠道动力的药物治疗,使用肠道益生菌调节剂或者解痉止痛的药物等。
也可能是附件或者盆腔方面的问题,需要排除妇科或者其他系统的问题,明确原因后再治疗。但是也不排除其他器质性疾病的可能,建议检查肠镜和腹部ct。