阴茎假短小从胚胎发生学上辨别,阴茎的分化和发育全靠体内的双氢睾酮或睾酮水平来决定,只要阴茎在青春期前不短于三厘米,青春期后非勃起时不短于五厘米,而且形态发育正常,勃起功能正常。
此外第二性征发育良好,就应认为是正常阴茎。