亚急性甲状腺炎需要与甲状腺结节的急性出血、慢性淋巴细胞性甲状腺炎的急性发病寂静型或无痛性甲状腺炎及急性化脓性甲状腺炎相鉴别。
在多发性结节性甲状腺肿的出血出到结节时不难鉴别,因为此时可以触及甲状腺上有无触痛的结节;而出血至单个甲状腺结节时,则鉴别较困难,两种类型的出血中,病变以外的甲状腺组织的功能仍然存在,其血沉少有明显升高。