在三叉神经痛患者神经周围支未发现特有的病理形态学变化,因此许多人认为可能为中枢病因。即三叉神经痛属于感觉神经中枢的癫痫样放电现象,是由于三叉神经系统的传出机制失控所引起。
亦有人认为丘脑的损害是引起三叉神经痛的中枢性原因。