一般认为,蛋白质水解到分子量小於1000Dalton就不太会成为过敏原。而水解蛋白奶粉是以牛奶成分为原料,但其中的的蛋白质已经经过酵素水解和加热的作用而分解成小分子,牛奶蛋白中原有的致敏结构也因此而被破坏,所以大大的降低了致敏的机率。
根据蛋白质分仔量大小的不同,此奶粉又分为完全水解配方及部分水解配方奶粉。若奶中的蛋白质~99%都被水解到小於1000Dalton称为完全水解配方奶粉,水解程度介於其中的就叫部分水解配方奶粉。