功能性囊肿也称为生理性囊肿这类囊肿在生殖年龄的女性当中相当普遍。这类囊肿通常会在月经来潮时消失。因此在月经期间或刚过时以超声波检查囊肿是很重要的。
处于更年期或更年期之后的妇女是不会有功能性囊肿的。子宫内膜炎囊肿(血块囊肿、巧克力囊肿):这类囊肿含有凝固的血块。