干扰素用于乙肝抗病毒治疗中效果显著,没有明显或永久的副作用,但干扰素所产生的副作用也不容忽视,使干扰素的应用剂量和疗程受到限制.指导意见发热发热是最常见和最明显的副作用;全身反应在发热前常先出现畏寒,甚至寒战,继之发热,同时伴全身不适,乏力,肌肉酸痛,尤其是关节酸痛,头昏或头晕,类似流感样症状;造血功能改变干扰素对造血功能的影响也是最为明显和常见,可以涉及白细胞,血小板和红细胞;
神经精神系统改变;胃肠系统反应主要表现食欲减退,恶心,呕吐,腹胀,肝脏损害,转氨酶升高等;皮肤改变最常见的是引起脱发,严重者头发变为稀少;肾脏反应大剂量的应用可刺激肾脏,引起轻度蛋白尿,但不影响肾脏功能,停药后可完全恢复;
自身抗体和自身免疫疾病可诱发抗核体和平滑肌抗体产生,出现白斑,类风湿等;其他的副作用如低血压,糖尿等。副作用的程度与剂量大小相关,剂量越大,副作用也越明显,减小剂量后,副作用可有所减轻,如果不能减少药量,可采用扑热息痛使发烧、头痛、肌痛等症状减轻,用温水搽身也可帮助降低体温。