在急性炎症期和复杂性肛瘘反复发作时,可出现不同程度的发热、或伴有消瘦、贫血、体虚等长期慢性消耗症状。浅的瘘管可沿外口触及硬索状管道行向齿线,指压有少量脓液从外口溢出。
有的可在齿线肛隐窝处触及凹陷硬结为内口。肛门周围皮肤因分泌物经常刺激,感觉潮湿瘙痒,可出现皮肤变色,表皮脱落。