与原发性痛经最需要进行鉴别诊断的是由内异症造成的继发性痛经。内异症痛经的患者,疼痛通常从月经来潮前1-2周开始,但月经来潮时或稍后有所缓解。
性交痛或附件肿物及后陷凹触痛结节,能够帮助诊断。同样的疼痛节律也见于子宫腺肌症的患者,她们往往年龄较大,并且伴有子宫的增大。