传染性软疣的病毒系痘病毒科的一种DNA病毒,是人体最大的病原性病毒之一,大小约为300×200×100μm。电镜研究,病毒的形成与胞质有密切关系,胞质基质浓缩,并出现嗜酸性颗粒,集聚成大颗粒,称颗粒组合型病毒(初期型病毒);继而形成细颗粒型病毒(中期型);最后形成一层砌样外壳和哑铃状DNA内核,整个胞质基质变成病毒包涵体,又称软疣小体。
形态学上与痘疮、牛痘、羊痘及其他动物病毒相似。