根据病变部位和患者的免疫状态的不同,隐球菌病的抗病原治疗有差异。无明显免疫缺陷的肺隐球菌病患者通常无需抗真菌治疗而很快自愈。
其他部位的隐球菌病,尤其是中枢神经系统隐球菌病和有免疫缺陷的肺隐球病患者,如艾滋病等,或同时有肺外隐球菌病,以及肺隐球菌病进行性加重时,均应进行抗真菌治疗。