肛周脓肿肿由肛腺感染引起,肛腺开口于肛窦,因肛窦开口向上,腹泻、便秘时易引发肛窦炎,感染至肛腺后首先易发生括约肌间感染,肛周周围间隙为疏松的脂肪结缔组织,感染极易蔓延、扩散;
常见的引起肛周脓肿的细菌有大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、链球菌和绿脓杆菌,偶有厌氧性细菌和结核杆菌,常是多种病菌混合感染。