巧克力囊肿患者如果目前囊肿的尺寸比较小,可以先保守治疗一段时间,定期复查。巧克力囊肿的尺寸,如果是大于五公分,药物治疗基本是无效的,一般需要通过腹腔镜手术来进行对症处理的手术,以后还得需要药物进行治疗,控制囊肿的复发。