由于抗生素可能会引起腹泻或促进耐药菌生长,即使胃肠炎的致病菌已经明确,抗生素通常也不建议使用。但是,某些病原菌(如弯曲杆菌、志贺菌、霍乱弧菌等)感染或病人有旅行者腹泻,可使用抗生素。
寄生虫感染所致胃肠炎需使用抗寄生虫药物。如果呕吐或腹泻持续时间较长或有严重脱水,有必要进行静脉补液。呕吐剧烈时可加用止吐药。