巧克力囊肿的发病原因是生理因素影响,巧克力囊肿是因为月经期子宫壁脱落的子宫内膜碎片而导致引流不畅,从而不能使碎片经由阴道排出,而影响其从阴道流出的,有阴道闭锁、子宫颈口狭小、子宫颈口年龄等,都是导致巧克力囊肿发生的原因。