根据您的描述,手上沾有精液过了两三分钟,放入女方阴道,女方正好是月经结束的第二天,怀孕的可能性不是太大。如果担心怀孕,建议以后性生活采取避孕套避孕,并且避免此种方式。
另外,鉴于您年龄尚小,不建议过早进行性生活,建议将精力转移到学习和工作当中。